Question habitabilité, la 9-5 est mieux, essentiellement pour son espace supérieur derrière les sièges avant, les passagers à l'arrière sont mieux lottis qu'à bord d'une 9-3 (surtout si le conducteur est grand...). La différence est assez sensible également en termes de largeur, ainsi qu'au niveau de la sensation d'espace (ce dernier critère étant certes plus subjectif, mais il confirme bien "à l'oeil nu" les mesures que l'on peut faire mètre en main).
Par contre, niveau coffre, je serai plus réservé : étant passé d'une 900 NG GPL à une 9-5 berline GPL, j'ai franchement regretté le coffre de ma 900, qui était d'une part plus logeable et de surcroît possédait l'avantage du hayon ! Si le volume du coffre est important pour toi, essaye de trouver une 9-5 estate, ou tourne-toi vers la 9-3. Avec la 9-5 berline GPL, j'ai pleuré plus d'une fois, mais j'ai retrouvé le sourire grâce à l'estate

(et aero qui plus est, donc sourire double

)
Sinon, concernant la boîte auto, je trouve celle des Saab excellente, même si contrairement à d'autres le frein moteur est assez inexistant, mais une fois assimilée cette particularité, cela permet justement d'adopter une conduite toute en anticipation, et de parcourir parfois plusieurs centaines de mètres sans toucher à l'accélérateur (ou à peine), très pratique en ville notamment, et très confortable.
De plus, elle est très réactive et n'hésite pas à rétrograder dès que le besoin s'en fait sentir (avec un mode sport très appréciable), alors qu'en conduite décontractée, elle profite du gros couple du moteur pour rester dans les (très) bas régimes, avec au final un silence et un confort remarquables.
Niveau conso, je pense que la boîte auto n'engendre qu'une infime surconsommation (pas plus de 0,5 litre) sur route et autoroute, mais par contre, en ville, on doit bien consommer 2 litres de plus qu'avec une boîte manuelle...
Et enfin, comme déjà dit par plusieurs, le 2,3 t est un excellent compromis, suffisamment puissant, la version aero étant plus "fun" mais pas forcément indispensable, tout dépend de ce que tu recherches...